广州医科大学附属第三医院药学部是集药品供应管 理、药学服务、药学科研、药学教学等为一体的医院药学专业学科。2012年，药学学科以临床药学建设列入医院 “十二五”重点建设特色学科。
经多年发展，药学部建立了以病人为中心的药学管理工作模式，开展以合理用药为核心的临床药学工作，参与临床疾病诊断治疗。药学部学科带头人严鹏科主任为药学教授、主任药师、医学博士、博士后、广州医科大学药理学硕士研究生导师。现有药学技术人员111人。拥有高级专业技术职称人员21人，其中教授1人，主任药师5人，副主任药师16人，中级职称以上占54%；人员学历情况：博士2人，硕士30人，本科73人，硕士研究生导师2人。
药学部举办《危重症孕产妇药学监护及临床合理用药》系列学习班成为国家、省、市级继续教育项目。2015年受中国药学会医药药学专业委员会协办“第五届全国妇产科药学大会”。2021年完成《实用孕产妇处方集》的编撰出版。
药学部在完善和执行医院《阳光用药制度实施方案》、《阳光用药监督管理实施细则》、《药品采购供应质量管理规范》、《基本用药供应目录管理制度》等方面做了大量细致的工作，建立和执行《处方点评制度》、《抗菌药物分级管理制度》、《抗菌药物临床应用管理实施细则》等，为医院合理用药工作的顺利开展奠定了基础。2020年以来，我院连续在广州市属医院安全合理用药监测评价考核中位列全市第一。
黄埔院区药学部下设有临床药学室、药库、门诊药房、住院药房、静脉用药配置中心。药房配备自动摆药机、自动分包核对一体机等药学自动化设备。并安装了合理用药前置审方系统，可为患者提供安全、快捷的药学服务。
住院药房全面实现每位患者口服给药的集中审方和每次用药独立包装给药，新生儿小剂量也采用单剂量调剂系统，高效、准确、安全且卫生。
静脉用药调配中心为全省首批开展全院静脉药物配置的单位之一，已在全省较早地实现住院患者静脉用药医嘱，包括新生儿用药、肿瘤化疗药物、肠外营养药物以及普通静脉用药的审核配置的全覆盖。
依托荔湾院区临床药师团队，开设妊娠/哺乳期用药咨询门诊，为妊娠期哺乳期人群提供用药指导及用药风险评估，以及小儿用药安全、糖尿病、高血压及脑卒中等慢性病用药管理与用药教育。
