广州医科大学附属妇女儿童医院胎儿医学与产前诊断科接受广州医科大学附属第三医院产前诊断与胎儿医学科的延伸管理，与主院区具有完善的会诊及转诊体系，在接受同等医疗服务的同时，也能享受更为优质及方便的就医体验，实现超声——咨询一贯式服务，减少就诊等待时间，提高就诊效率。
广州医科大学附属第三医院产前诊断与胎儿医学科创立于2006年， 为广东省首批通过评审于2008年首批获得“产前诊断资质”的中心，并于2017年获批为“广东省产前诊断中心培训机构”，是泛珠江三角地区规模最大的胎儿疾病和宫内治疗中心之一。
本中心依托广州妇产科研究所、广东省产科重大疾病重点实验室及广东省生殖与遗传重点实验室，通过十余年的发展，现除开展常规胎儿结构异常的超声评估与诊断、介入性产前诊断、胎儿疾病宫内筛查评估以外，还大力发展复杂性双胎疾病的早期诊断与宫内手术干预，以及遗传性疾病的诊断与咨询。现今，本中心已搭建基因芯片及二代测序等检测技术平台，可对染色体疾病、地中海贫血、进行性肌营养不良（DMD）、脊髓性肌萎缩症（SMA）、耳聋及地中海贫血等遗传性疾病进行检测、诊断、遗传咨询和胚胎植入前遗传学检测等。目前，本中心是中国最大的SMA+DMD等单基因遗传病早孕期产前诊断中心之一，同时也是泛珠江三角地区最大的多胎妊娠转诊中心之一，更是泛珠江三角地区胎儿医学网络和中港合作胎儿医学网络的核心单位，与各地医院进行积极合作，已建立以广医三院为中心，香港和海外为依托，基层医院为辐射的泛珠江三角胎儿医学疑难疾病会诊及转诊网络。
